در روز بيستم جمادى الثانى 1320 هجرى قمرى مطابق با 30 شهريـور 1281هجرى شمسى ( 24 سپتامپر 1902 ميلادى) در شهرستان خمين از توابع استان مركزى ايراندر خانواده اى اهل علـم و هجرت و جهاد و در خـانـدانـى از سلاله زهـراى اطـهـر سلامالله عليها, روح الـلـه المـوسـوى الخمينـى پـاى بـر خـاكدان طبيعت نهاد .
اووارث سجاياى آباء و اجدادى بـود كه نسل در نسل در كار هـدايـت مردم وكسب مـعارفالهى كـوشيـده انـد. پـدر بزرگـوار امام خمينـى مرحوم آيه الـله سيد مصطفى مـوسـوىاز معاصريـن مرحـوم آيه الـلـه العظمـى ميرزاى شيـرازى (رض) که پـس از آنكهساليانـى چنـد در نجف اشـرف علـوم و معارف اسلامـى را فـرا گرفته و به درجه اجتهـادنايل آمـده بـود بـه ايـران بازگشت و در خمـيـن ملجأَ مردم و هادى آنان در امـوردينـى بـود. در حـالـيكه بيـش از 5 مـاه از ولادت روح الـلـه نمى گذشت, طاغوتيان وخوانين تحت حمايت عمال حكومت وقت نداى حق طلبـى پـدر را كه در برابرزورگـوئـيهايشان بـه مقاومت بـر خاسته بـود, با گلـوله پاسـخ گفـتـنـد و در مـسيرخمـيـن به اراك وى را بـه شهادت رسانـدنـد. بستگان شهيـد بـراى اجراى حكـم الهىقصاص به تهران (دار الحكـومه وقت) رهـسـپار شـدند و بر اجراى عـدالت اصـرار ورزيدندتا قاتل قصاص گرديد
بديـن ترتبيب امام خـميـنى از اوان كـودكى با رنجيـتـيـمىآشـنا و با مفهوم شهادت روبرو گرديد. وى دوران كـودكـى و نـوجـوانى را تحتسرپرستى مادر مـومـنـه اش (بانـو هاجر) كه خـود از خاندان علـم و تقـوا و ازنـوادگان مـرحـوم آيـه الـلـه خـوانسـارى ( صاحب زبـده التصانيف ) بوده است وهمچنيـن نزد عمه مـكـرمه اش ( صاحبـه خانم ) كه بانـويى شجاع و حق‌جـو بـود سپرىكرد اما در سـن 15 سالگى از نعمت وجـود آن دو عزيز نيز محـروم گـرديد .